Si quieres usar dos Messengers desde la misma PC no debes hacerte mayores complicaciones, abre sesión como siempre lo has realizado desde el programa que tienes instalado, una vez hecho esto desde una ventana abre Web Messenger (mail.live.com/mail/MSNWebIMDecomm.aspx), servicio de Microsoft que te permite abrir un segundo Messenger vía online sin mayores complicaciones de por medio.